Das Schwerpunktthema des 1951 unter der Bezeichnung „Heimat- und Küsten-Museum“ in der Viktoriastraße eröffneten Museums war über Jahrzehnte hinweg die Siedlungsgeschichte an der Küste. Ein Ratsbeschluss aus dem Jahr 1997 gab dem Museum, das zwischenzeitlich mehrfach seinen Namen und seinen Standort gewechselt hatte, eine neue Ausrichtung. Zukünftig sollte nun die Siedlungsgeschichte Wilhelmshavens gleichberechtigt neben der Stadtgeschichte stehen. Seit dem Jahr 2001 ist das Küstenmuseum Wilhelmshaven der Wilhelmshaven Touristik & Freizeit GmbH unterstellt und an einem neuen Standort, in einer ehemaligen Exerzierhalle der Marine in unmittelbarer Nähe zum großen Hafen untergebracht.
Das Gebäude selbst ist ein Stück Stadtgeschichte und zeigt den Funktionswandel von einer ursprünglich militärischen zu einer zivilen Nutzung, wie sie bei vielen Gebäuden in Wilhelmshaven zu verfolgen ist. Aus der Exerzierhalle der Marine wurde eine Turnhalle, die "Jahn-Halle". Während des Nationalsozialismus war sie eine Ausstellungshalle, nach der Reichspogromnacht Sammelort für jüdische Männer vor ihrer Deportation. In den Nachkriegsjahren beherbergte das Gebäude zunächst eine Kammgarnspinnerei, nach einem Umbau diente es im Jahr 2000 zunächst als Ausstellungshalle für die Expo und wird seitdem als Museumsgebäude genutzt.
Im Juli 2006 eröffnete das Küstenmuseum den ersten Teil seiner neuen Dauerausstellung im Erdgeschoß des Gebäudes. Der Ausstellungsbereich "Siedlungsgeschichte an der Küste" umfasst die Module „Die Küste entsteht“, „Lebensraum Küste“ und „Frühe Küstenbewohner“. Vom zweiten Ausstellungsbereich der "Stadtgeschichte Wilhelmshaven" sind die beiden Module „Marinestadt an der Nordseeküste“ sowie die „Souvenirs von fremden Küsten“ fertig gestellt.